Historię wolnomularstwa można podzielić na trzy znaczące okresy: wolnomularstwa legendarnego, operatywnego (związanego z rzeczywistą pracą murarską) i spekulatywnego (związanego z samodoskonaleniem i nawiązującym symboliką do czasów minionych).
Jak każdy wielki ruch, także i wolnomularstwo ma swój okres mityczny, w którym tkwią jego korzenie i z którego rodzi się jego tradycja. Dla ruchu masońskiego jest to czas Hirama Abiffa z Tyru, głównego architekta króla Hirama I. Hiram Abiff, jako naczelny budowniczy został wyznaczony do wzniesienia jerozolimskiej Świątyni Salomona. Był on człowiekiem wielkiej wiedzy i umiejętności. Wedle legendy znał on również sekret Wielkiego Masońskiego Słowa, które jest symbolem największej Wiedzy i Doskonałości. Hiram obiecał, że po ukończeniu budowy świątyni, przekaże sekret swoim następcom. Niestety, zazdrośni i niecierpliwi robotnicy próbowali wymusić na Hiramie wcześniejszą zdradę Wielkiego Słowa, a gdy to się nie udało – posunęli się do morderstwa. Ofiara, którą złożył Hiram – śmierć poniesiona z ręki ludzi chciwych, zazdrosnych i głupich stała się początkiem ruchu wolnomularskiego.
Naturalną konsekwencją faktu, że zdecydowana większość opowieści masońskich wiąże ideę wolnomularską ze Świątynią Jerozolimską, jest włączenie do kanonu masońskiego mitu Templariuszy (jako tych, którzy odkryli w Ziemi Świętej nieznaną Tajemnicę). Ten element wykorzystuje dzisiejsza popkultura, głównie na fali zainteresowania książkami Dana Browna. Nie jest to jednak nic nowego – już w czasach oświecenia powstał ruch w ramach wolnomularstwa, przedstawiający masonów jako spadkobierców Zakonu Templariuszy – była nim tzw. Stricta Observantia, z której ostatecznie wykształcił się rycerski Ryt Szkocki Rektyfikowany (praktykowany przez Lożę Nadzieja na Wschodzie Warszawy, która jest Lożą-Matką Loży Gwiazda Morza).
Istnieją także legendy przypisujące przynależność do wolnomularstwa Adamowi (pierwszemu człowiekowi) oraz Noemu (budowniczemu Arki). Jeszcze inne opowieści wiążą z masonerią Abrahama oraz Euklidesa (pierwszy znany dokument masoński, tzw. Manuskrypt Regius zawiera właśnie inwokację do tego greckiego matematyka i filozofa). W tzw. Manuskrypcie Cooke’a (datowanym na XIV-XV w.) znajduje się z kolei wzmianka łącząca narodziny wolnomularstwa z Jabalem z rodu Lamecha (Biblia, Genesis 4, 20-22). Niektóre teorie wiążą także idee masońskie z Pitagorasem (i jego następcami) a nawet… celtyckimi drudiami).
Szczególną popularnością cieszyła się teoria łącząca genezę wolnomularstwa ze starożytnymi misteriami i wiedzą tajemną kapłanów egipskich. Te poglądy, naturalnie wplatające się w europejską fascynację Egiptem w dobie ponapoleońskiej doprowadziły do powstania całego systemu rytów, z których ostatecznie wyłonił się ezoteryczny i mistyczny odłam masonerii – Ryt Memphis-Misraim.
Tradycja średniowieczna wiąże wolnomularstwo z ustrojem cechowym, w którym mistrzowie wraz z czeladnikami i uczniami łączyli się w gildiach, stojących na straży tajemnic i interesów zawodowych. W odniesieniu do „wolnych murarzy” średniowiecznych pojawiają się dwa terminy: gildia i loża. O ile słowo gildia jest dość powszechnie rozpoznawane jako określenie struktury cechów rzemieślniczych, to słowo „loża” odnosi się do warsztatu budowanego czasowo na terenie większego projektu budowlanego. Termin ten pojawia się już w 1278 roku w dokumentach opactwa Vale Royal. Z biegiem czasu, pojęcia loża zaczęto używać w odniesieniu do każdego zgromadzenia architektów (przykładowo, zapisy takie pojawiają się w odniesieniu do kodeksu praw i obowiązków loży związanej z budową Katedry w Minster z 1352 roku).
Kamieniem milowym w historii wolnomularstwa był wybuch reformacji. Było to pierwsze w historii zakwestionowanie władzy i monopolu kościelnego na określanie prawdy na tak szeroką skalę. Dla wielu ludzi było to sygnałem, że możliwe jest poszukiwanie wartości także poza regułami narzuconymi przez kler katolicki. Z drugiej strony, w krajach, w których dochodziło do sekularyzacji dóbr kościelnych, zanikała rola Kościoła, jako znaczącego sponsora przedsięwzięć konstrukcyjnych.
W mniej więcej tym okresie, królewskie prawodawstwo w Anglii ustanowiło (Statuty Schawa z końca XVI w.) zasadę, że każda loża powinna zatrudnić sekretarza-notariusza, dla dokumentowania wszystkich transakcji. Było to spowodowane chęcią narzucenia cechom kontroli urzędników monarchii. W ten sposób, po raz pierwszy, w lożach pojawiły się osoby spoza dotychczasowej branży murarskiej.
Niektórzy badacze uważają, że kolejnym krokiem było przyjmowanie w szeregi masonerii przedstawicieli bogatych rodów arystokratycznych, których przedstawiciele mieli zapewniać lożom ochronę i lepsze warunki pracy. Szybko miało się okazać, że wraz z dopuszczeniem do tajemnic wolnomularskich elity ówczesnego społeczeństwa, pojawiła się naturalna tendencja do poszukiwania nowych wyzwań – tym razem intelektualnych i filozoficznych. Nie da się też nie zauważyć, że ci „nowi masoni” wnieśli do lóż zainteresowanie światem, nauką oraz alchemią, która miała stać się nowym motorem rozwoju Sztuki Królewskiej. Dokumenty wskazują, że około połowy XVII wieku, większość członków lóż była już wolnomularzami spekulatywnymi, to znaczy zajmującymi się rozwojem duchowym i intelektualnym zamiast tradycyjnych zadań inżynierskich.
Proces transformacji lóż operatywnych w spekulatywne nigdy nie został dokładnie zbadany – głównie na skutek dyskrecji, która stanowiła warunek pracy w gildiach i formujących się właśnie lożach nowego typu. Loże te dla płynnego działania wymagały nowych metod pracy. To właśnie dlatego przedstawiciele czterech najpoważniejszych z nich, wraz z „kilkoma innymi Braćmi” spotkali się w 1717 roku w słynnej karczmie Pod Gęsią i Rusztem. Głównym animatorem reformy był syn francuskich hugenotów osiadłych w Londynie, John Theophilus Desaguliers. Był doktorem praw, fizykiem, członkiem Royal Society i bliskim przyjacielem Izaaka Newtona. Wprowadzone reformy zostały wkrótce potem spisane i utrwalone w formie słynnych Konstytucji Andersona (1723). Warto dodać, że twórca najważniejszego dokumentu wolnomularzy był chrześcijańskim kaznodzieją i duchownym prezbiteriańskim.
Działania wolnomularzy angielskich z 1717 roku doprowadziły do wykształcenia się pierwszych struktur ponadlożowych – tzw. Wielkich Lóż (zwanych także obediencjami). Pierwszą z nich była Wielka Loża Londynu, która uznała się za władną do decydowania o tym, które loże działają „prawidłowo”, a które – nie. Oczywiście, nie wszystkie loże zaakceptowały zwierzchność Londyńczyków (tak naprawdę, na początku większość z nich wręcz sabotowała tę inicjatywę). Początkowo wydawało się, że główny podział nastąpi na linii The Moderns (jak określano zwolenników nowego porządku) i The Ancients (jak określali się zwolennicy starych praw).
Z biegiem lat okazało się jednak, że w nowoczesnym świecie XVIII wieku, szybko rozwijające się organizacje masońskie muszą znaleźć jakieś metody zarządzania coraz większymi rzeszami wolnomularzy. Obediencje zyskiwały na znaczeniu – tym bardziej, że moda ta dotarła i na kontynent, gdzie także zaczęto tworzyć krajowe Wielkie Loże.
Ruch wolnomularski rozwijał się i wzmacniał. Następowały też w nim podziały, bowiem na wiele spraw różne Loże patrzyły inaczej. Rola władcy w społeczeństwie, istnienie Wielkiego Architekta Wszechświata, zakres obowiązywania praw człowieka – to były tylko niektóre z tematów, które były wówczas żywo dyskutowane. Największe napięcie wytworzyło się pomiędzy konserwatywnym wolnomularstwem anglosaskim, a szybko liberalizującym się i tolerancyjnym wolnomularstwem kontynentalnym (nazywanym też liberalnym bądź romańskim).
Kolonizacja Nowego Świata i burzliwy rozwój Stanów Zjednoczonych przyniosły zaognienie sporu, w związku z rywalizacją wolnomularskich ośrodków Paryża i Londynu na ziemiach amerykańskich. Ze smutkiem należy przyznać, że ten – polityczny w swej istocie – spór doprowadził do największego i trwającego do dziś podziału. Z drugiej strony, warto przypomnieć niebagatelną rolę masonów amerykańskich w tworzeniu niepodległego i wolnego państwa.
Kiedy pod wpływem liberalno-demokratycznych nurtów ideowych, Wielki Wschód Francji zdecydował, że wolne sumienie jest jedną z najwyższych wartości wolnomularskich, a co za tym idzie nie można wymagać od wolnomularzy deklaracji wiary w istnienie Wielkiego Architekta Wszechświata, Wielka Zjednoczona Loża Anglii postanowiła zerwać więzy wzajemnego uznawania. Trzeba jednak zaznaczyć, że uważa się dziś powszechnie, że znowu zadecydowały względy polityczne – bowiem wcześniejsze wycofanie laudacji Wielkiego Architekta Wszechświata z rytuałów Wielkiego Wschodu Belgii nie spowodowało żadnych dramatycznych przełomów.
Od 1877 roku trwa więc wyraźny podział na dwa nurty wolnomularskie: masonerię typu anglosaskiego (konserwatywną, przyjmującą wyłącznie mężczyzn i żądającą od nich deklaracji wiary w Boga) i masonerię romańską (liberalną, przyjmującą kobiety i mężczyzn, zaś sprawy religijne pozostawiające indywidualnemu sumieniu). Dewizą wolnomularstwa anglosaskiego jest: WIARA – FILANTROPIA – NADZIEJA, zaś wolnomularstwa liberalnego: WOLNOŚĆ – RÓWNOŚĆ – BRATERSTWO.
Dziś masoneria światowa oferuje zainteresowanym wiele ścieżek, którymi mogą podążać. Swoje miejsce odnajdują tu zarówno ci, którzy są tradycjonalistami, jak i ci, których spojrzenie na sprawy tego świata jest bliższe intelektualnemu liberalizmowi. Ruch wolnomularski jest tak różny, jak różni są ludzie w nim uczestniczący.
Więcej informacji na ten temat można odnaleźć na stronie poświęconej współczesnemu wolnomularstwu.